ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker

 背景介绍



今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用解读！首先来简单介绍一下什么是ChIP-seq: 染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于  转录因子结合位点  或  组蛋白  特异性  修饰位点的研究。  将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、  转录因子  等互作的DNA区段。 使用MACS软件通过一定的算法原理，在测序比对结果中识别出有意义的peak。ChIPseeker包的作用就是对这一步产生的peak进行注释和分析，并且进行可视化。 ChIPseeker包的另一个强大之处在于它的通用性，可以应用于多种数据的peak注释，还可以应用于lncRNA的注释。关于ChIPseeker更详细的背景介绍可以进入： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChIPseeker/inst/doc/ChIPseeker.html  ChIPseeker的安装



ChIPseeker包可以通过bioconductor去安装（小编之前在安装的时候频繁报错，最后发现是网络问题...）

 背景介绍


今天，边肖为您带来了ChIP-seq数据分析中必需的R包——ChIP-seeker使用的解读！首先我们简单介绍一下什么是ChIP-seq: 染色质免疫沉淀(ChIP)，又称结合位点分析，是研究蛋白质与DNA在体内相互作用的有力工具，通常用于  转录因子结合位点  或   ChIP-seq技术，将ChIP与第二代测序技术相结合，可以高效检测与组蛋白相互作用的DNA片段， // 利用MACS软件，通过一定的算法原理，在测序比较结果中识别出有意义的峰。芯片搜索包的目的是注释、分析和可视化该步骤中生成的峰值。 chip seeker包的另一个强大特性在于它的通用性，可以应用于各种数据的峰值标注和lncRNA的标注。关于Chipseker更详细的背景介绍，可查阅 https://www . bioconductor . org/packages/release/bioc/vignies/Chipseker/inst/doc/Chipseker . html

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("ChIPseeker")BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene") library(ChIPseeker)#加载人基因组注释包require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)  ChIPseeker的使用



01  数据读取  
在这里我们依然用ChIPseeker包中自带的数据去做实例

files <- getSampleFiles()files##读取peakpeak <- readPeakFile(files[[1]])#使用getPromoters函数，确定上下游，准备好窗口pro <- getPromoters(TxDb=txdb,upstream=3000, downstream=3000)#getTagMatrix函数，把peak比对到窗口，并生成矩阵tag <- getTagMatrix(peak, windows=pro)
02  可视化部分   
首先查看peak在全基因组上的分布

covplot(files[[1]])

用tagHeatmap对窗口进行可视化，绘制热图

tagHeatmap(tag, xlim=c(-3000, 3000),color="blue")

PlotAvgProf函数用于绘制转录起始区的平均峰结合强度 

plotAvgProf(tag, xlim=c(-3000, 3000), xlab="Genomic Region (5'->3')", ylab = "Read Count Frequency")

03  可视化基因组注释  
为了根据基因组特征注释给定峰的位置，annotatePeak将峰分配给输出的“注释”列中的基因组注释，其中包括峰是在TSS、外显子、5’UTR、3’UTR、内含子还是基因间。

peakAnno <- annotatePeak(files[[1]], tssRegion=c(-3000, 3000), TxDb=txdb, annoDb="org.Hs.eg.db")##饼图形式plotAnnoPie(peakAnno)

plotAnnoBar(peakAnno)#柱状图形式

 
 
 
 
 通过upsetplot函数和 vennpie交叉使用，可以实现更全面的注释结果展示

library(ggimage)library(ggupset)upsetplot(peakAnno, vennpie=TRUE)

 小编总结



ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包，应用范围不局限于ChIP-seq，还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释，它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解！
大家如果有什么想学习的可以在后台联系小编哦！慢慢给大家安排上！